Sau khi lực lượng kháng chiến cuối cùng của Đô Dương bị triệt hạ ở Cửu Chân, nhiều quý tộc người Việt bị giết hoặc bị bắt đi đày sang Linh Lăng, Hồ Nam có tới 300 người.[9] Chế độ Lạc tướng bị dẹp, thay thế bằng chế độ trực trị tới cấp huyện. Về sau chỉ có một số quý tộc người Việt được cử giữ chức huyện lệnh nhưng cũng không có quyền thế tập cha truyền con nối.[10]

Theo Hậu Hán thư: Viện khi đi qua chỗ nào cũng đặt quận huyện, xây thành quách, đào sông tưới ruộng để sinh lợi cho dân.[2][11] Tuy nhiên, Đào Duy Anh có bình luận thêm rằng Chúng ta không có tài liệu trực tiếp để biết thêm tình hình phát triển kinh tế nông nghiệp do cuộc kinh lý của Mã Viện[11]. Mã Viện cũng tâu về triều đình nhà Hán rằng luật lệ của người Việt khác với người Hán và xin thi hành Pháp chế để ước thúc họ.[2][11] Ngoài ra Mã Viện cho rằng chế độ quận huyện trước kia lỏng lẻo, nay phải thi hành chặt chẽ hơn, bèn tâu với Hán Quang Vũ Đế chia đất Tây Vu là đất của con cháu An Dương Vương thêm 2 huyện mới là Phong Khê và Vọng Hải bởi huyện Tây Vu có 32.000 nhà mà biên giới thì cách xa huyện trị đến hơn nghìn lý[2].

Người dân Cửu Chân chỉ có một số ít biết cày bừa bằng trâu bò, phần nhiều còn làm nghề săn bắn[12]. Sau khi chiếm cứ các thành, quân Hán cũng xây thành quách để đồn trú và đặt quận huyện y như quận Giao Chỉ.

Sau khi kinh lý 2 quận, Mã Viện mới thu quân trở về nước năm 44. Quân Hán bị thương vong rất nhiều, khi trở về chỉ còn non nửa so với lúc xuất phát[13].